Na atualidade existe uma grande preocupação com a busca pelo desenvolvimento de combustíveis alternativos para os motores de ciclo a diesel, a fim de reduzir os impactos causados por este combustível ao meio ambiente, principalmente quanto a emissões de poluentes e dependência de combustíveis derivados do petróleo; estes são fatores que contribuem e intensificam os estudos para novas pesquisas tendo como rotas de produção a busca por fontes de energias renováveis. Por conseguinte o biodiesel entra como forma de diminuir esse impacto ambiental em virtude de ser uma fonte de energia renovável, ecológica, não tóxico e de baixo risco de explosão. A preocupação quanto à questão de obtenção de energia sem ser prejudicial ao meio ambiente, tornou o assunto sobre o biodiesel cada vez mais difundido e discutido quanto a sua produção e utilização no setor de transporte. Este estudo tem como objetivo a análise dos aspectos sobre a utilização do biodiesel em empresas de transporte coletivo, situadas na região de Joinville - SC. O trabalho foi realizado utilizando dados reais coletados nas próprias empresas objetivando a quantificação financeira da substituição do diesel pelo combustível alternativo, outro fator analisado foi o incentivo dos órgãos governamentais quanto à utilização desses combustíveis alternativos tomando como base o projeto de lei 310/2009, que prevê algumas desonerações para o uso desses combustíveis. Foi realizada uma abordagem sobre os impactos ambientais, através da análise dos testes de opacidade de ambos os combustíveis. A pesquisa se caracterizou pela análise comparativa do emprego do diesel mineral (100%) e o biodiesel, em diferentes proporções, no sistema de transporte coletivo da cidade.