Perakitan varietas padi tahan wereng batang coklat (WBC, Nilaparvata lugens Stål.) perlu diupayakan secara kontinyu untuk mengatasi perubahan genetik WBC yang terjadi secara spasial dan temporal menjadi biotipe yang lebih ganas. Tersedianya marka molekuler yang terpaut erat dengan ketahanan terhadap WBC dapat mempercepat proses seleksi pada populasi persilangan. Marka yang terpaut erat dengan sebuah karakter fenotipe tertentu dapat diidentifikasi dengan cara mengasosiasikan sejumlah marka dengan karakter fenotipik pada individu-individu yang tidak berkerabat sebagai alternatif dari metode tradisional menggunakan analisis pautan yang memerlukan populasi persilangan. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi marka simple sequence repeat (SSR) padi yang berasosiasi dengan ketahanan terhadap WBC. Sebanyak 44 varietas dan calon galur harapan yang telah diketahui tingkat ketahanannya terhadap WBC biotipe 3 dianalisis menggunakan 30 marka SSR yang tersebar di delapan kromosom padi. Uji asosiasi antara marka SSR dengan ketahanan terhadap WBC mendapatkan delapan marka SSR (RM17, RM38, RM125, RM144, RM250, RM287, RM328, dan RM536) yang berasosiasi signifikan dengan ketahanan WBC (R2=0,18 sampai 0,89; P<0,05). Dua puluh satu varietas dan 11 calon galur harapan terdeteksi mengandung alel-alel SSR yang berasosiasi dengan ketahanan WBC biotipe 3. Marka RM17 terdeteksi pada 15 varietas dan 11 calon galur harapan yang dikategorikan tahan dan agak tahan sehingga berpotensi digunakan sebagai marka diagnostik awal untuk mendeteksi alel-alel ketahanan terhadap WBC. Untuk mendapatkan marka SSR yang dapat digunakan sebagai alat seleksi ketahanan WBC yang terpercaya, perlu dilakukan analisis lanjutan pada populasi yang bersegragasi untuk kedelapan marka tersebut dan uji asosiasi lebih banyak marka SSR yang tersebar luas pada kromosom padi.