El objetivo de este trabajo es identificar y comprender las dificultades teóricas y conceptuales que presentan los alumnos en el aprendizaje de la Metodología de la investigación. El diseño metodológico es cualitativo, orientado por una lógica inductiva. Los participantes fueron alumnos que cursaban Metodología de la Investigación, en la Universidad Nacional de San Luis, Argentina. Las técnicas de recolección de información fueron entrevistas, observación participante e instancias colectivas. Se usó el método comparativo constante para el análisis de la información. Se encontró que la fragilidad del conocimiento es una de las dificultades para abordar los nuevos contenidos.