http://dx.doi.org/10.5007/1983-4535.2013v6n1p1 Esta pesquisa objetivou analisar os desafios de gestão a partir da percepção de diretores de centro de uma instituição de ensino superior (IES) pública do sul do Brasil no tocante a conhecimentos; avaliações de outras pessoas; tempo disponível; comprometimento dos subordinados; gestão de divergências; burocracia e centralização; e cuidados éticos. Realizou-se um estudo de caso qualitativo com coleta de dados por meio de entrevistas em profundidade com sete diretores de centro a partir de um roteiro com questões abertas, cujas respostas se submeteram à análise de conteúdo. Os principais desafios enfrentados pelos diretores de centro estão relacionados à ausência de conhecimento prévio sobre a função e sobre aspectos de gestão; ao tempo disponível para o cargo em relação às atividades que necessitam ser realizadas; e à gestão de divergências relacionais de subordinados, administrativas e pessoais. Espera-se que este estudo possa contribuir para a gestão universitária ao apontar alguns dos desafios enfrentados por gestores universitários no exercício de sua função, auxiliando-os, assim, a melhorar seus processos de preparação, bem como auxiliar as IES no acompanhamento desses profissionais. Além disso, acredita-se que se possa contribuir com a área de conhecimento ao identificar diferentes desafios e, portanto, diferentes possibilidades de temas de pesquisa em gestão universitária.