El presente estudio determina la calidad de agua desde el punto de vista físico-químico y microbiológico del afluente y efluente (Estero Real) en catorce granjas camaroneras ubicadas en la parte este del Estero Real, manejadas en tres diferentes sistemas de cultivo: artesanal, extensivo y semi-intensivo para un ciclo de cultivo. En el artesanal la calidad del agua desde el punto de vista físico-químico fue la misma al momento de la siembra y cosecha de los estanques. En el extensivo la calidad del agua descargada hacia el efluente fue mejor que la utilizada para llenar los estanques de cultivo de camarón. En el semi-intensivo la calidad del agua fue mejor en el momento de la cosecha que en la siembra con respecto a los nutrientes y metabolitos tóxicos.