Ganoderma incluye especies de gran importancia económica y ecológica, sin embargo, su nomenclatura actual es caótica y poco estudiada en el neotrópico. En este estudio se utilizaron 14 muestras de Ganoderma y dos de Tomophagus recolectados en Brasil para la extracción de ADN, amplificación y secuenciación de las regiones ITS y LSU. La delimitación filogenética de seis táxones neotropicales fue discutida con base en especímenes brasileños y secuencias del GenBank. Estas especies mostraron ser distintas de los Ganoderma lacados de Asia, Europa, América del Norte y de algunos ejemplares de Argentina. Las reconstrucciones filogenéticas confirman que los Ganoderma lacados son distintos de Tomophagus, aunque pertenecen al mismo grupo. No se confirman los sinónimos de G. subamboinense a G. multiplicatum, de G. boninense a G. orbiforme y G. chalceum a G. cupreum. G. parvulum se confirma como el nombre correcto para G. stipitatum. G. lucidum sólo se debe utilizar para especies europeas. Por lo tanto, se propone el uso de nombres publicados válidamente de acuerdo con la distribución geográfica de las muestras, características morfológicas y análisis de ADNr.