Jumlah kasus mikropenis tidak diketahui secara pasti, diduga tidak semua pasien berobat. Dalam penanganan mikropenis, terapi hormonal dengan testosteron merupakan pilihan utama. Terapi testosteron 25 mg intramuskular setiap 3 minggu, 4 dosis, dapat langsung diberikan sebelum pemeriksaan kadar testosteron darah. Jika tidak terjadi penambahan panjang penis, pemberian terapi hormonal dapat diulangi satu siklus lagi. Terapi operatif dipertimbangkan pada kasus yang gagal dengan terapi hormonal. Sebaiknya pasien mikropenis diberi pengobatan dalam pengawasan ahli endokrinologi anak.