Salah satu bakteri pencemar adalah serotipe E. coli O157:H. Bakteri ini diketahui tumbuh dan berkembang dan menghasilkan toksin. Toksin yang dihasilkan oleh strain ini adalah verotoxin atau disebut sebagai shiga-like toxin (Stx).Penelitian ini menggunakan lima isolate E. coli O157:H7 yaitu FSKS 5 Pecatu, FSKS 17 Kutuh, FSKS 35 Ungasan, FSKS 44 Ungasan, dan FSKS 55 Jimbaran. Kegiatan penelitian diawali dengan kultivasi isolate melalui penumbuhan pada media Sorbitol MacConkey Agar (SMAC), dilanjutkan dengan konfirmasi E. coli O157 dengan uji latex agglutination test dan konfirmasi E. coli O157:H7 melalui pengujian dengan anti serum H7. Deteksi molekuler diawali dengan tahapan isolasi DNA genom, dilanjutkan dengan deteksi gen Stx 1 melalui metode Polimerase Chain Reaction (PCR), menggunakan primer LP 30 dan LP31. Hasil penelitian menunjukkan positif gen Stx 1 pada dua isolate yaitu FSKS 5 Pecatu dan FSKS 35 Ungasan yang dicirikan dengan terlihatnya band/pita dengan panjang produk 348 bp. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa isolate local FSKS 5 Pecatu dan FSKS 35 Ungasan, berpotensi sebagai agen zoonosis yang berpeluang besar menimbulkan diare berdarah.