HER2/neu merupakan anggota dari keluarga protein EerbB. Single nukleotida polimorfisme (SNP) pada gen HER2 terutama posisi kodon 655 diduga terkait dengan resiko kanker payudara. Deteksi SNP ini dapat menggunakan teknik AS-PCR (Allele Specifik Polymerase Chain Reaction) yang cukup sensitif dan spesifik namun teknik deteksi post AS-PCR selama ini yang diterapkan belum menggunakan fragmen standar gen yang menjadi target. Oleh karena itu dalam penelitian ini perlu dilakukan preparasi fragmen gen dengan teknik Allele Specific PCR untuk standar marker SNP HER2I655V. Tujuan penelitian ini untuk menyediakan standar marker DNA untuk deteksi gen SNP HER2I655V. Metode yang digunakan adalah melalui penapisan DNA, AS-PCR, elektroforesis, UV trasluminator dan spektrofotometri. Penapisan HER2I655V pada beberapa sample pGEM rekombinan dengan AS-PCR didapatkan fragmen gen HER2 genotipe AA (142 bp) dan GG (168 bp). Purifikasi fragmen menghasilkan konsentrasi akhir sebesar 37 ng/μl. Validasi fragmen HER2 dilakukan dengan menguji SNP pada 5 sampel DNA sel bukal melalui metode AS-PCR. Varian SNP pada sampel memiliki ukuran yang sama dengan standar marker HER2 untuk genotipe AA yaitu 142 bp. preparasi standar marker gen HER2I655V dengan teknik AS-PCR berhasil.