Neste trabalho, teve-se por objetivo construir uma metodologia de avaliação de desempenho dos municípios paulistas quanto à eficiência técnica na aplicação de recursos públicos nas ações de atenção básica à saúde e analisar a influência de variáveis não controláveis no processo de produção em tal área. A eficiência técnica é um dos parâmetros de avaliação de desempenho dos gestores públicos, refletindo a capacidade de uma entidade obter máximos outputs com o menor consumo de inputs. O alcance de tal métrica pode ser prejudicado ou favorecido pelas variáveis ambientais ou não controláveis que, se não forem consideradas na avaliação de desempenho, podem gerar vieses. Nesse sentido, por meio da metodologia Data Envelopment Analysis (DEA) em dois estágios, os escores de eficiência dos municípios foram estimados e depois ajustados com o uso da análise de regressão. Os resultados indicaram que seria possível aumentar, consideravelmente, a quantidade de serviços prestados à população sem a necessidade de novas dotações orçamentárias na maioria dos municípios. Além disso, verificou-se que a maior proporção de idosos em uma jurisdição torna a prestação de serviços mais cara; por sua vez, maiores densidade populacional, grau de urbanização e escala dos estabelecimentos de saúde favorecem o gasto público com eficiência. Os cinco municípios paulistas considerados mais eficientes foram Tuiuti, Nova Guataporanga, Sabino, Lins e Santos.